Jusqu’en 1927 une chapelle vétuste, installée dans une grange, est administrée par l’abbé David, vicaire à Saint-Remi. Celui-ci éprouve le désir de donner à la population du quartier d’Alfort une église des temps nouveaux.
Grâce à une souscription ouverte en 1931, aux Chantiers du Cardinal créés depuis peu par le Cardinal Jean Verdier, et à la générosité d’industriels voisins, en particulier ceux des établissements de la Suze dont le directeur, Fernand Moureaux achètera le terrain et financera la construction à hauteur de 80%, la première pierre est posée fin mai 1932.
Le 11 juin 1933, le Cardinal Verdier bénit le nouvel édifice et érige Sainte-Agnès en paroisse : l’abbé David est le premier curé.
Selon une légende, la forme de la bouteille de Suze, apéritif inventé par le principal mécène de l’église, aurait été donnée au clocher de l’église en reconnaissance de son généreux mécénat. Cette forme de clocher n’est pas complètement originale, car le clocher de l’église, du début Art déco, de Notre-Dame du Raincy (93), construite en 1923 et qui a inspiré les deux architectes de Sainte-Agnès, possède déjà une silhouette semblable. Il est à noter que la forme de cette bouteille, dessinée vers 1906 par Henri Porte, a un tracé Art déco avant l’heure !
Il faut également se rappeler le contexte économique morose de cette période qui subit les contrecoups de la crise boursière de 1929. Bon nombre d’églises des Chantiers du Cardinal ont été frappées par une réduction substantielle des coûts, qui a touché, en tout premier lieu, leurs éléments décoratifs et embellissements. L’Eglise Sainte-Agnès a donc été, en ce sens, doublement favorisée par l’effort financier de son mécène : une première fois par ce mécénat très généreux et une deuxième fois par ce mécénat réalisé dans une période de marasme.
Ce clocher original, conçu pour être repéré de loin, constitue une balise identitaire du quartier d’Alfort, situé à la porte de la ville.